醤油は正油とも書く事がある。これは醤の漢字が常用漢字に含まれていなかったため、常用漢字に準拠しようとする、役所やそれに類する団体が当て字を用いざるをえなかったことによる[要出典]。調味料を料理に用いる順番を表す語呂合わせの「さしすせそ」で、醤油は「せうゆ」として「せ」に割り当てられているが、歴史的仮名遣では「しやうゆ」と書くのが正しい。ただし「せうゆ」という仮名遣も、いわゆる許容仮名遣として広く行われていた。醤油の別名、したじは吸い物の下地の意から、むらさきの別名の語源は諸説あり、醤油の色から来た女房詞、または江戸時代に筑波山麓で醤油が多産されたことからとも言われる。
英語では soy sauce といい、また大豆のことを soybean と呼ぶ。これらの語に含まれる soy(-) は、日本語「しょうゆ」がオランダ語経由で伝わったものである。
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醤油のルーツは醤（ひしお）であるとされている。醤は、広義には「食品の塩漬け」のことを指す。紀元前8世紀頃の『周礼』で、「醤」という漢字が初めて使われた。文献上で日本の「醤」の歴史をたどると、701年の『大宝律令』には、醤を扱う「主醤」という官職名が見える。また923年公布の『延喜式』には大豆3石から醤1石5斗が得られることが記されており、この時代、京都には醤を製造・販売する者がいたことが分かっている。また『和名抄』では、「醢」の項目にて「肉比志保」「之々比之保」（ししひしほ）についてふれており、「醤」の項目では豆を使って作る「豆醢」についても解説している。